Ozadnje projekta SEEMARINER izhaja iz potrebe po večji zaščiti okolja skozi koherentne mehanizme za nadzor in odzivanje znotraj multisektorskega okolja, saj onesnaževanje morja in rek ima poleg socialne, pravne in ekonomske tudi čezmejne vplive v območju Jugo-Vzhodne Evrope.