Projekt SEE MARINER powstał z potrzeby wzmocnienia ochrony środowiska poprzez stworzenie spójnego mechanizmu monitorowania i reagowania opartego na podejściu multidyscyplinarnym, ponieważ zanieczyszczenie wód morskich / rzecznych w regionie Europy Południowo-Wschodniej ma nie tylko implikacje środowiskowe i gospodarcze, ale często o charakterze transgranicznym.